El ataque de Reinaldo en tiempos de paz a una gran caravana en 1177 provocó un rápido castigo por parte de Saladino, que atacó al reino cruzado y acabó con la derrota del ejército cruzado en la batalla de Hattin. Saladino perdonó a la mayoría de los prisioneros salvo a Reinaldo, a quien ejecutó él mismo. Los defensores de Karak resistieron ocho meses de prolongado asedio antes de rendirse a los musulmanes que, piadosamente, les concedieron la libertad. De nuevo en poder musulmán, Karak pasó a ser la capital de un distrito que abarcaba gran parte de Jordania y jugó un papel central en el plano político de Oriente Próximo durante los dos siglos siguientes. Durante un tiempo, Karak se convirtió incluso en la capital de todo el reino mameluco, cuando el sultán an-Nasir Ahmad se cansó de las luchas por el poder en El Cairo. De hecho, realizaron ocho asedios distintos antes de que su hermano y sucesor, as-Salih Ismail tomó la fortaleza y le devolvió la insignia real. Fue durante estos asedios cuando Karak se ganó el dudoso honor de ser el primer objetivo de la artillería moderna en Oriente Próximo, pues as-Salih Ismail usaba cañones y pólvora.

Bajo el gobierno de los ayubís y de los primeros sultanes mamelucos, se realizaron importantes reformas en el castillo y las fortificaciones de la ciudad se reforzaron con enormes torres que parecían no tener puertas: el acceso a la ciudad se realizaba por pasadizos subterráneos y sus entradas pueden verse hoy en día.

En épocas posteriores, la ciudad fue a menudo refugio de rebeldes y el castillo se usó como centro de celebración de consejos de tribus. La firme administración turca se implantó después de 1894 y el palacio mameluco del interior del castillo se usó como prisión. La Gran Revolución Árabe dio el golpe de gracia al dominio turco, que terminó en 1918.